En una carta del Consejo Real con fecha 25 de mayo de 1492, a petición de las aljamas de Valgañón y Ezcaray, se ordena al Corregidor de Santo Domingo de la Calzada que si las deudas que los vecinos de estas villas tenían con los judíos eran lícitas, les fueran satisfechas antes de que tuvieran que abandonar el Reino.
En las relaciones dadas a Felipe II por los Obispos de sus Diócesis, en el censo de la Corona de Castilla del siglo XVI aparece con: “una pila y 100 vecinos, que a 5 personas son 500 almas”.
En 1616 se expedían en Valgañón títulos de “maestro de pañería”. En el siglo XVII destacaba por sus fábricas de paños, tintes y batanes, además de por contar con un hospital.
Hasta el siglo XVII y según se recoge en varios documentos, a la Virgen de Tresfuentes, se la denomina indistintamente como “Virgen de Valgañón” o “Virgen de Tresfuentes”. Es a partir de esa época y coincidiendo con la construcción en 1680 de una fuente de tres caños junto al templo lo que hace que pase a conecérsela popularmente como “Virgen de Tresfuentres”
El 14 de abril de 1733 se instituye la Escuela de Gramática de Valgañón por Dionisio López de la Umbría. Según el Catastro de Ensenada hecho en 1752 había 163 casas con 140 vecinos. 142 casas habitadas, 8 inhabitables y 13 en ruinas. Contaba Valgañón con un cirujano sangrador, un saludador que llegaba de Castil de Lences, un organista, un herrero, dos peraires, un maestro sastre, dos bataneros, dieciocho tejedores de paños, una fábrica de paños con 116 senos que producía 300 paños y bayetas y veinte fabricantes que llevaban paño a la fábrica.
Había también en el río Iguareña cuatro casillas de una rueda para batanar los paños y un tinte con dos calderas de color de cabida para tres paños cada una. Había cardadores, tejedores y pisoneros de paño sin más haberes que su oficio.
Como la ganadería y la labranza eran escasas buena parte del vecindario se dedicaba a la preparación de paños en su casa. A esta dedicación se dedicaban hasta los profesionales, escribano, barbero, etc. También se hace referencia a una tejera. Hay una taberna, un mesón, una carnicería y una panadería. Hay en el pueblo 92 colmenas.
